Install SGE on ubuntu 18.04

  1. 방화벽 확인
  • 통신이 안될때
  • 6444,6445

2. 설치

위 방법으로 repo 추가하고 다운 로드 . sign이 안되어 있어 apt update 안되면 –allow-unauthenticated 또는 –allow-insecure-repositories

(다만 preference.d 에서 debian 에서 다운 받는 것만 살리고 나머지는 주석으로 사용 안하는 것으로)

apt purge gridengine-* 

apt autoremove 로 완전히 지우고 설치

설치는 apt install gridengine-master 그리고 나서 execd 설치

설치시 기존에 돌고 있는 프로세스 확실히 죽이고 설치

설치시 automatically setting 을 선택하도록. ( cell = default, 그리고 master, exec 설치시 master 물어 보는데master가 설치된 컴퓨터 이름 지정) SGE_ROOT 지정 (maser, exec 모두 ) – /var/lib/gridengine 

3. 컴퓨터 이름 지정

apt 설치시 컴퓨터 이름은 short form 으로 입력 ( 예; qmaster1.localdomain 이라도 입력은 qmaster1 만) / etc/hosts 는 (m,aster, exec z컴퓨터 모두) – 192.168.124.129 qmater1.localdomain – 192.168.124.139 exec1.localdomain 

4. 사용

su sgeadmin 으로 변경해서 관리자 지정하기

(sudo su -s /bin/bash sgeadmin … 필요하면 그전에 sgeadmin 암호지정 )

– qconf -am ljs

이후 ljs 계정으로 관리 가능

qmaster, exec는 root로 실행

qconf -as ljspc3. : submit pc로 지정

qconf -ap smp

qconf -ap smi

—> parallel 환경 설정. cpu 갯수만 입력 (999)

qconf -ahgrp @psy : @psy 안에 여러 exec 컴퓨터 입력 가능

 qsub -q all.q test.sh

qconf -mq all.q : 여기에서 실행 가능한 exec 나 그룹 지정 (@psy)가능. , cpu slot 조절, unix_behavior 로 변경

qhost. qstat -f

qmod -d all.q : all.q 만 죽임. 현재 돌고 있는 것 마무리하고… 

qmod -e all.q : all.q 다시 시작 (이전에 submit 된 job 은 대기 하고 있다가 다시 투입되기 시작함)

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